Vào năm 1885, Giáo hội Công Giáo Việt Nam (CGVN) phải hứng chịu một đợt sóng bách hại khác. Sau khi vua Tự Đức băng hà (1883), vị vua trẻ Hàm Nghi lên ngôi vào năm 1884, khởi xướng phong trào Cần Vương (phò vương, bảo vệ nhà vua) nhằm mục đích chống lại thế lực của thực dân Pháp. Phong trào này, gồm hầu hết quan chức trong triều đình, theo đường lối giải phóng của vua Hàm Nghi, đã tàn lụi khi vua Hàm Nghi bị Pháp bắt vào năm 1888 và đày sang Algeria.
Một phong trào khác là ‘Văn Thân’ (phong trào của những người tri thức), trong đó có nhiều người đã gia nhập phong trào Cần Vương. Họ hô hào: “Bình Tây Sát Tả” (giết người Tây phương và người theo ‘tà đạo’; hai cụm từ dùng để gọi người Pháp và người CG. Làng Trà Kiệu bấy giờ có chừng 900 dân thuộc tỉnh Quảng Nam, phía nam của Huế, có một xứ đạo nhỏ.
Theo tường trình của M. Geffroy, vào ngày mồng 01 tháng 9 năm 1885, giáo xứ Trà Kiệu với cha xứ là cha Bruyère, bị quân Văn Thân bao vây. Tuy nhiên họ chỉ bao vây, hôm sau mới đánh. Những người CG thất thế, một đọ với ba, với một ít vũ khí. Cha Bruyère khuyên họ đặt niềm tin nơi Đức Mẹ Maria bằng cách bày tượng Đức Mẹ trên bàn, hai bên để đèn nến. Trong khi thanh niên trai tráng chiến đấu, thì những người già, phụ nữ, trẻ em lần chuỗi. Quân Văn Thân bị cầm giữ ngoài bãi mấy ngày. Thấy không làm chi được, họ liền lấy súng cà-nông bắn vào nhà thờ. Tuy nhiên quân Văn Thân hết sức lấy làm lạ vì các quả đạn cà-nông có mục tiêu quá dễ mà lại nhắm sai hoài. Về sau một quan chức thú nhận rằng ông thấy một bà áo trắng đứng trên nóc nhà thờ và ông cố nhắm bắn vào bà nhưng lúc nào cũng lệch. Quân lính nói rằng trong hai ngày, bà này đứng trên nóc nhà thờ và họ cố hết sức nhưng không bắn bà được.
Vào ngày 21 tháng 9, Văn Thân tấn công lần chót vào giáo xứ Trà Kiệu. Những người CG thấy chỉ còn cách tấn công thì mới bảo vệ được, cho dù họ ít oi và thiếu vũ khí. Họ xông vào quân Văn Thân đang chiếm giữ hai ngọn đồi. Văn Thân thúc voi xông vào người CG nhưng voi không chịu đi. Những nài voi nói rằng: voi sợ vì có hàng trăm trẻ em mặc đồ trắng và đỏ từ trong bụi trẻ đi ra và nhập đoàn với người CG tiến về phía họ. Bấy giờ, một giáo dân bắn gục vị tướng Văn Thân, làm cho hàng ngũ Văn Thân tán loạn. Giáo dân tin rằng chiến thắng có được là nhờ ơn Đức Mẹ phù hộ.
Cũng như trong truyện Đức Mẹ La Vang, không có cách nào để xác minh sự kiện Văn Thân thấy bà áo trắng hiện ra đứng trên nóc nhà thờ để bảo vệ nhà thờ hay việc họ thấy đoàn trẻ em bận áo trắng và đỏ từ trên bụi tre đi xuống hợp đoàn cùng quân của người Trà Kiệu. Tuy nhiên, giáo dân gán cho Đức Mẹ sự can thiệp lạ lùng giúp họ chiến thắng đội quân mà quân số và khí giới vượt trội họ. Vào năm 1898 một nhà nguyện được xây dựng dâng kính Đức Mẹ phù hộ các giáo hữu trên đồi Bửu Châu, và vào năm 1959 và 1971 các đoàn người hành hương đông đảo đổ xô về trung tâm Thánh Mẫu này.
Theo truyền thuyết, cả ở La Vang lẫn Trà Kiệu, Đức Mẹ đều hiện ra trong bối cảnh bách hại đạo; đây là điều rất khác với các lần Đức Mẹ hiện ra ở các nơi khác, chẳng hạn ở Lộ Đức hay Fatima. Đức Mẹ hiện ra ở La Vang và ở Trà kiệu với tư cách một người mẹ bảo vệ che chở, đầy tình yêu thương và lòng thương xót đối với đoàn con đang gặp khốn khổ gian nan. Đức Mẹ không gửi sứ điệp đoán phạt ngày sau cùng nếu như người VN không sám hối; ngài cũng không đòi hỏi phải làm gì để đền đáp các ơn huệ của ngài. Trái lại Đức Mẹ, với lòng thương nhưng không, đã cứu thoát họ và hứa lắng nghe lời họ kêu xin. Nói khác đi, ngài đầy lòng thương xót và yêu thương. Ngài cùng cam chịu và bảo vệ người VN vì họ phải lâm cảnh khốn khổ.
Có lẻ hình tượng Đức Mẹ, hiện thân tấm lòng thương xót của Thiên Chúa, lôi cuốn rất mạnh mẽ người VN, có đạo hay không, đến với ngài.
Chính trong bối cảnh này ta hiểu được tại sao người CGVN nhìn nhận: Đức Maria là hiện thân của lòng từ bi hay thương xót của Thiên Chúa, luôn sẵn sàng cứu giúp họ. Điều đó đã được Đức Giáo hoàng Gioan Phaolô II diễn tả trong thông điệp “Thiên Chúa Giàu Lòng Thương Xót”. Ngài coi Đức Maria là Mẹ của lòng Chúa thương xót, là người hiểu biết lòng thương xót của Thiên Chúa. Mẹ thấu biết giá trị, biết lòng thương xót đó vĩ đại biết bao. Theo nghĩa này, ta gọi Đức Mẹ là Mẹ đầy lòng thương xót, Mẹ từ bi, Mẹ nhân lành.
Đức Giáo hoàng Gioan Phaolô II xác nhận trong thông điệp “Mẹ Đấng Cứu Chuộc”, coi Đức Maria của lời kinh Magnificat là sự diễn tả tình yêu của Mẹ đối với người nghèo:
Tình yêu thương của Giáo hội dành cho người nghèo được diễn tả cách tuyệt vời trong kinh Magnificat của Đức Maria. Qua lời kinh này, lời kinh xuất phát từ con tim và chiều sâu đức tin của Mẹ, Giáo hội ý thức lại cách mạnh mẽ hơn chân lý của Thiên Chúa Đấng cứu độ, Đấng ban phát mọi quà tặng, không thể nào không bày tỏ tình yêu cho người nghèo, người khiêm nhường; tình yêu đó được cử hành trong kinh Magnificat và sau đó, được diễn tả trong lời nói và việc làm của Chúa Giê-su. (số 37).